灰指甲，实际上是一种甲真菌病，主要是由真菌病原体侵犯指甲所造成的损害。一些患者认为，这个病没法治，实际上这是一个很大的误区。灰指甲现在是有药可治的，且治疗效果还非常好，如果按照规范治疗，70%-80%的灰指甲都可以治愈。
灰指甲治疗的手段很多，对于一些轻症患者，其甲板受累的程度很少（很小的面积受累、近端的甲母质没有受累、没有超过一半以上的指甲受累），且是很表浅的，甲板没有明显肥厚，这样的患者可首选局部抗真菌药（外用药）来治疗，安全性较好。临床上最简单的一种外用制剂是30%的冰醋酸，可以直接涂抹在指甲上，通过高浓度的酸性作用来抑制真菌生长。但是其穿透性有限，抑菌作用也有限，所以需要持续用药。一般来说，最短也要坚持6个月以上，甚至达到一两年，才能彻底治愈。
近年来，临床上还使用了一些新的外用抗真菌处方药，它在指甲上形成一层膜（药物在膜里面），就像指甲油似的，能在指甲上持续保留一段时间，且不断向甲板里释放，其穿透性和持久性都比较好，这种药目前临床应用最多。
如果患者甲板损伤超过50%，甲周也有损害，且指甲特别厚，则外用药将很难渗入。此时只要没有服药的禁忌症，比如严重的肝肾疾病、全身系统性疾病、药物过敏、多种慢性病等，则建议选择内服药。
内用药是治疗灰指甲最强的杀手锏，对真菌具有很强的杀灭或抑制作用。甲床的血液循环非常丰富，口服药物到达甲床后，会向甲板渗透扩散，起到效果。
内用药有几大类，都是化学药物，像过去的灰黄霉素，其治疗灰指甲的疗效不是很理想，需要很长的疗程，所以现在基本都不用。
现在用的药物是更新一代的杀真菌药，比如特比萘芬，还有广谱抗真菌药伊曲康唑、氟康唑等。这些药物对灰指甲能起到不同程度的治疗作用，且安全性也不错，其不良反应可以得到较好控制。
服药过程中要定期随诊，一是监测疗效，另外就是监测不良反应，吃药后如果不舒服，必要时可做化验，出现恶心呕吐、小便颜色改变、眼睛变黄等，往往预示着肝脏损伤，应及时停药。这里要提醒患者朋友们，规范用药可以避免不良反应发生，所以一定要在医生的指导下服药。医生建议停止服药后，患者还需要靠外用药来继续辅助治疗，以巩固口服药疗效，防止疾病复发。
一般来说，手部灰指甲的疗程是2-3个月，脚部疗程是3-4个月，若要完全治好，需要观察疗效，实际上，手部治疗至少是半年，脚部是1年。